凋亡（Apoptosis），或者说程序性细胞死亡（Programmed cell death），是细胞内建的防御机制之一，在生物的正常发育及疾病抵御中起到重要的作用。凋亡过程与通路的异常，会导致多种疾病，包括肿瘤。

      目前至少有十数种检测细胞凋亡的方法，从大框架上讲，可以划分为基于细胞形态、生物学功能和生化标记三大类。这里简要介绍一下最受欢迎的“Annexin V/PI双染法”进行流式细胞术质膜分析。

       磷脂酰丝氨酸（Phosphatidylserine, PS）正常位于细胞膜内侧，但在细胞凋亡早期，PS可从细胞膜内侧翻转到细胞膜表面，暴露在细胞外环境中。磷脂酰丝氨酸的转位发生在凋亡早期阶段，先于细胞核的改变、DNA断裂、细胞膜起泡。体内的吞噬细胞可通过识别磷脂酰丝氨酸来清除凋亡细胞。Annexin-V是一种分子量为35~36KD的Ca2+依赖性磷脂结合蛋白，能与PS高亲和力特异性结合，细胞处于调亡或坏死时，Annexin-V可为阳性（早期坏死细胞可能为阴性），是检测细胞早期凋亡的灵敏指标。将Annexin-V进行荧光素（FITC、PE）标记，利用流式细胞仪或荧光显微镜可检测细胞凋亡的发生。碘化丙啶(propidine iodide, PI)是一种核酸染料，它不能透过完整的细胞膜，但在凋亡中晚期的细胞和死细胞，PI能够透过细胞膜而使细胞核红染。因此将Annexin-V与PI匹配使用，就可以将凋亡早晚期的细胞以及死细胞区分开来。

        值得注意的是，受到凋亡刺激的细胞，细胞膜通常比较脆弱。因此在制备贴壁细胞样品时，很容易在消化和吹打时带来额外的损伤，增加了数据变异度。此外，在实际实验中经常可以发现，凋亡细胞的本底荧光或非特异染色的特性会增强，导致荧光飘移，导致定量不准。解决途径包括：提高样品制备的质量，用密度图而非点图展示数据，双指数坐标部分解决荧光飘移带来的画门障碍等。