未染色的细胞
确定背景和自发荧光的阴性对照；设置PMT电压。

完全染色的细胞
确定一些超出坐标轴的事件；设置PMT电压。

单染的细胞/微球
调节补偿

同型对照
设门，用于消除同类抗体的非特异性染色。每个抗体均会有不同水平的背景染色，这种背景与其结合特异性、抗体浓度、抗体聚集程度、荧光素：抗体比例等因素有关。挑选同型对照除了要选对物种、亚型，还需要看抗体的结合特异性、浓度等等各种因素。
 

荧光扣除对照（FMO）
设门，用于消除荧光渗漏荧光的背景。

多色实验时，要检测某个荧光通道的表达情况，由于荧光渗漏影响占主要，所以检测时先将该通道的抗体去掉，检测一下其它通道漏到此通道的背景荧光水平，进行正确排除，从而帮助设门。

未刺激或未处理的样本
实验阴性对照

阳性细胞（刺激或特殊药物处理过的）
实验阳性对照

用细胞活性染色（例如PI等）标记细胞
区分死、活细胞。